Ekstrakurikuler PMR (Palang Merah Remaja) di SMA Muhammadiyah 1 Temanggung menjadi wadah pembinaan karakter peduli dan tanggap terhadap sesama.
Melalui pelatihan pertolongan pertama, donor darah, bakti sosial, hingga kampanye kesehatan, santri dilatih untuk sigap dalam situasi darurat dan aktif dalam kegiatan kemanusiaan.
PMR MUHITA juga rutin terlibat dalam kegiatan PMI dan kegiatan sosial lainnya, dengan pendampingan dari guru pembina berpengalaman.

Ikatan Pelajar Muhammadiyah (IPM) adalah organisasi pelajar otonom Muhammadiyah yang hadir sebagai sarana pelatihan kepemimpinan bagi santri SMA Muhammadiyah 1 Temanggung.
Melalui IPM, santri dilatih menjadi pribadi yang aktif, bertanggung jawab, dan berjiwa organisatoris Islami. Kegiatan IPM mencakup pelatihan kepemimpinan, kaderisasi, diskusi ilmiah, kajian keislaman, hingga pengelolaan program kerja sekolah yang berbasis pelajar.

Rohani Islam (ROHIS) SMA Muhammadiyah 1 Temanggung hadir sebagai wadah pembinaan akhlak dan spiritualitas santri.
Melalui kegiatan seperti kajian Islam, kultum, mentoring, dan pelatihan dakwah, ROHIS membentuk santri yang religius, berakhlak mulia, dan siap menjadi generasi dai masa depan.